CIM is al zichtbaar in het nest, dan wel soms met hele milde symptomen. Één van de eerste symptomen die zichtbaar kunnen zijn is dat er wat melk terug vloeit via de neus of dat pups een rocheltje in de neus hebben nadat ze hebben gedronken. Het betekent niet direct dat iedere pup die dit op jonge leeftijd al heeft, ook een megaoesophagus is. Zo geeft een open gehemelte en gulzigheid ook hetzelfde beeld. Het wordt pas echt duidelijk als de pups overgaan op vast voedsel. Waarbij pups moeite hebben om hun voedsel en water binnen te houden en raken ze ook achter in de groei. Dit opgeven van voedsel en/of water gebeurd niet door normaal overgeven, maar door regurgiteren. Bij normaal overgeven krijgen de hersenen signaal om de luchtpijp af te sluiten. Regurgiteren gebeurd ongecontroleerd en dus is er altijd kans op verslikking en de daaruit voortvloeiende kans op longontsteking. Regurgiteren kan zich uiten in complete plassen die eruit komen, maar soms smakt de pup alleen of vallen er enkel een paar druppels uit zijn of haar bekje. Een hoorbaar klotsgeluid is ook een klassiek symptoom van megaoesophagus, maar wordt niet altijd herkend als zijnde een symptoom. Toch zijn er ook pups die zich, ondanks de megaoesophagus, uitstekend weten te redden. Zoals onze Scout, die op een klotsgeluid na vrijwel geen andere symptomen had.